Trước năm 1945, xã Phong Phượng là địa điểm hoạt động bí mật của các đồng chí cán bộ lãnh đạo Tổng bộ Việt Minh, Xứ uỷ Bắc kỳ, Cơ quan báo Cứu quốc và là nơi cất giấu vũ khí, họp bàn kế hoạch khởi nghĩa vào đêm 17/8/1945. Chùa là địa điểm phát hành số báo Cứu quốc của Tổng bộ Việt Minh đăng lệnh Tổng khởi nghĩa giành chính quyền, phát hành ngày 17/8/1945, kịp thời động viên nhân dân cả nước đứng lên phá tan xiềng xích nô lệ, giành chính quyền về tay nhân dân.

Trong kháng chiến chống thực dân Pháp, chùa Đôi Hồi là địa điểm hoạt động bí mật của cán bộ lãnh đạo phong trào kháng chiến ở địa phương. Dưới toà thượng điện là căn hầm bí mật che giấu cán bộ. Hiện nay, căn hầm đã được san lấp và xây gạch để phục vụ nhu cầu tín ngưỡng của nhân dân. Với những giá trị tiêu biểu về lịch sử, văn hoá, năm 1990, chùa Đôi Hồi được Bộ Văn hoá – Thông tin – Thể thao và Du lịch này là Bộ Văn hoá, Thể thao và Du lịch xếp hạng Di tích lịch sử - văn hoá cấp quốc gia cần được bảo vệ nghiêm ngặt.

Năm 2010, huyện Đan Phượng đầu tư xây dựng bia kỷ niệm để ghi dấu sự kiện lịch sử: Địa điểm báo Cứu quốc hoạt động thời kỳ tiền khởi nghĩa và tri ân các đồng chí lãnh đạo Tổng bộ Việt Minh, Xứ uỷ Bắc Kỳ cũng như phong trào cách mạng địa phương.

Theo tài liệu lịch sử đấu tranh cách mạng của Đảng bộ xã Song Phượng và lời kể của các lão thành cách mạng trước đây, chùa Đôi Hồi là đầu mối thông tin liên lạc, nơi mật giao các tài liệu và và tờ báo Cứu quốc của Tổng bộ Việt Minh đi các nơi. Đây cũng là nơi qua lại hoạt động của các cán bộ cấp cao của Đảng và Nhà nước như đồng chí Xuân Thuỷ và Lê Quang Đạo. Sau cách mạng Tháng Tám thành công, đồng chí Xuân Thuỷ cũng vài lần về thăm lại địa phương, nơi hoạt động trước kia của đồng chí.