Cụ thể vụ việc như sau, ngày 8/9, Sản phụ Đ.T.Y (sinh năm 1991, quê Xã Hoàng Đan, huyện Tam Dương, tỉnh Vĩnh Phúc) nhập viện với chẩn đoán Song thai 38 tuần lần 4  trên IVF (thụ tinh trong ống nghiệm). Trước đó, sản phụ Y đã trải qua 3 lần sinh.
Sản phụ được mổ lấy thai vào lúc 7 giờ 30 ngày 9/9, được 2 bé trai chào đời có cân nặng lần lượt là 2,9 kg và 3 kg hồng hào khóc tốt. Sau sinh  sản phụ và 2 bé tạm thời ổn định. Đến khoảng 10 giờ ngày 10/9, 2 bé được tiêm vắc xin viêm gan B.
Tuy nhiên, đến 11 giờ 45 phút, một trong hai cháu bé đột ngột tím tái, xuất hiện tình trạng khó thở, suy hô hấp và nhanh chóng được các bác sĩ cấp cứu, tuy nhiên, cháu bé đã tử vong.
Đến 15 giờ, bé còn lại cũng xuất hiện triệu chứng tương tự và được các Bác sĩ Bệnh viện Sản Nhi tỉnh Vĩnh Phúc nhanh chóng cấp cứu, sau đó chuyển tới Bệnh viện Nhi Trung ương để tiếp tục được điều trị kịp thời. Hiện sức khỏe bé được cấp cứu tại Bệnh viện Nhi Trung ương đã qua cơn nguy hiểm.
Đối với trường hợp bé tử vong, sau khi cấp cứu và xét nghiệm gen của bệnh nhi, các bác sĩ tại Bệnh viện Nhi Trung ương kết luận: Nguyên nhân tử vong là do cháu bé bị rối loạn chuyển hóa a xít béo bẩm sinh ở trẻ sơ sinh. Đây là một trong những bệnh lý bẩm sinh hiếm gặp chỉ có thể phát hiện khi xét nghiệm bằng các xét nghiệm chuyên sâu. Như vậy, trường hợp cháu bé tử vong bất thường không phải do tiêm vắc xin viên gan B.
Ngay sau sự viện xảy ra Sở Y tế chỉ đạo Bệnh viện phối hợp cùng cơ quan chức năng điều tra, xác minh nguyên nhân tử vong của trẻ.
Vài năm gần đây, các chuyên gia tại Bệnh viên Nhi Trung ương đã gặp gần 10 trường hợp trẻ tử vong do tiêm phòng vắc xin viên gan B nhưng nguyên nhân hoàn toàn không phải do tiêm phòng, chỉ là do thời điểm tiêm viêm gan B sau sinh mà triệu trứng của bệnh chuyển hóa bẩm sinh, thường nặng lên lúc trẻ được bú sau 1 ngày.