Tính đến nay, tổng diện tích đã thực hiện xong công tác bồi thường giải phóng mặt bằng (BT-GPMB) là gần 62 ha/gần 71 ha. Chi trả tiền BT-GPMB được 813/847 hộ, đạt tỷ lệ hơn 95% trên tổng số các hộ có đất thu hồi, còn lại khoảng 9 ha/34 hộ còn lại. Về phần diện tích tại xã Đồng Cương huyện Yên lạc là 11ha đã hoàn thành giải phóng mặt bằng và bàn giao cho chủ đầu tư; địa phận thành phố Vĩnh Yên hơn 54 ha thuộc địa phận 2 phường là Hội Hợp với diện tích 25,93ha, Đồng Tâm là 32,8ha và hơn 5 ha các loại đất khác.
Hiện nay công tác bồi thường giải phóng mặt bằng của một số hộ còn lại đang gặp vướng mắc do còn một số hộ dân chưa đồng ý nhận tiền hỗ trợ để bàn giao đất. Đối với các hộ dân chưa nhận tiền BT-GPMB của Dự án, UBND các phường, xã nơi có đất thu hồi đã phối hợp với các đơn vị tổ chức thực hiện công tác GPMB. Các ban ngành đoàn thể cũng đã nhiều lần tổ chức các buổi tuyên truyền vận động, đối thoại trực tiếp cũng như đến từng hộ để tuyên truyền vận động. Tuy nhiên các hộ dân vẫn không đồng ý nhận tiền theo phương án được duyệt, đồng thời yêu cầu đơn giá hỗ trợ vượt quá mức quy định và các đòi hỏi không có cơ sở xem xét theo quy định của pháp luật.
Trong thời gian tới, chính quyền địa phương sẽ tiếp tục công tác tuyên truyền, vận động và giải thích đối với các hộ chưa nhận tiền bồi thường giải phóng mặt bằng, từ đó có nhận thức đúng, đồng thuận với chủ trương phát triển kinh tế gowin99 của tỉnh. Dự kiến, từ nay tới ngày 30/9 nếu các hộ còn lại không nhận tiền bồi thường giải phóng mặt bằng, thành phố Vĩnh Yên sẽ tổ chức cưỡng chế thu hồi đất theo quy định và số tiền các hộ không nhận sẽ được gửi vào Kho Bạc nhà nước thành phố Vĩnh Yên.
Dự án Khu đô thị Nam Vĩnh Yên giai đoạn 3 thuộc trường hợp Nhà nước thu hồi đất căn cứ tại Khoản 3, Điều 62, Luật Đất đai năm 2013. Dự án được đưa vào quy hoạch sử dụng đất của UBND tỉnh Vĩnh Phúc, được HĐND tỉnh chấp thuận đưa vào danh mục các công trình, dự án thực hiện thu hồi đất trên địa bàn tỉnh Vĩnh Phúc (bổ sung) tại Nghị Quyết số 28/NQ-HĐND ngày 17/07/2017 và Nghị Quyết số 10/NQ-HĐND ngày 09/07/2018. Dự án được UBND tỉnh phê duyệt quy hoạch chi tiết tỷ lệ 1/2000 tại Quyết định 2800/QĐ-UBND ngày 8/9/2005; được Thuờng trực tỉnh ủy Vĩnh Phúc lựa chọn chủ đầu tư dự án xây dựng khu đô thị mới tại thông báo 577-TB/TU ngày 21/5/2012.
Xét về quy hoạch, kế hoạch và diện tích đất được Thủ tướng Chính phủ chấp thuận chuyển mục đích, quy trình bồi thường GPMB dự án, tất cả đều hoàn toàn phù hợp về mặt thời gian, quy định của pháp luật đất đai về bồi thường hỗ trợ GPMB khi Nhà nước thu hồi đất.