Theo Nguyễn Lang, năm 1069, vua Lý Thánh Tông đem quân chinh phạt Chiêm Thành, chiếm các châu Địa Lý (phủ Quảng Ninh, tỉnh Quảng Bình), Ma Linh (các huyện Minh Linh, tỉnh Quảng Trị) và chiếm Bố Chính (các huyện Bình Chánh, Minh Chánh, và Bố Trạch thuộc Quảng Bình). Sách An Nam Chí Lược của Lê Tắc nói rằng trong số những tù nhân bắt được của Chiêm Thành trong cuộc chinh phạt ấy, có một vị thiền sư Trung Hoa tên là Thảo Đường.

Vị thiền sư bị bắt cùng với những người Chiêm Thành và chẳng ai biết là thiền sư. Khi về tới kinh đô, vua chia những tù nhân bắt được cho các quan để làm người phục dịch. Tình cờ thiền sư Thảo Đường được chia cho một người tăng lục, một chức vụ trong coi về tăng sự. Một hôm, trong lúc tăng lục đi vắng, tên nô bộc Thảo Đường lật xem thử những bản ngữ lục Thiền học chép tay để trên bàn của chủ. Thấy bản này chép có nhiều chỗ sai quá, Thảo Đường không chịu được, bèn cầm bút sửa chữa.

Khi vị tăng lục về, khám phá ra câu chuyện ấy, rất lấy làm ngạc nhiên, bèn đem tự sự tâu lên vua. Vua cho vời tên nô bộc kỳ lạ ấy lên hỏi, thì biết đó là thiền sư Thảo Đường ở Trung Hoa, nhân đi qua Chiêm Thành truyền giáo mà bị bắt. Khâm phục về sức học và đạo đức của Thảo Đường, vua liền phong thiền sư làm quốc sư. Thiền học của Thảo Đường có những giác sắc mới lạ, do đó một thiền phái nữa được thành lập, lấy tên là thiền phái Thảo Đường. Thiền sư Thảo Đường trụ trì tại chùa Khai Quốc, ngay ở kinh thành Thăng Long.

Lý giải vì sao Thiền phái Thảo Đường không được mấy phổ biến, Nguyễn Lang cho biết: Sách Thuyền Uyển Tập Anh có ghi tên tuổi 19 người thuộc thiền phái Thảo Đường, kể cả thiền sư Thảo Đường, phân làm sáu thế hệ:

Thế hệ 1: Thảo Đường.

Thế hệ 2: ba người: Lý Thánh Tông, Bát Nhã, Ngộ Xá.

Thế hệ 3: bốn người: Ngô Ích, Thiệu Minh, Không Lộ, Định Giác.

Thế hệ 4: bốn người: Đỗ Vũ, Phạm Âm, Lý Anh Tông, Đỗ Đô.

Thế hệ 5: ba người: Trương Tam Tạng, Chân Huyền, Đỗ Thường.

Thế hệ 6: bốn người: Hải Tịnh, Lý Cao Tông, Nguyễn Thức, Phạm Phụng Ngự.

Vì khuynh hướng thiên trọng trí thức và văn chương của nó, thiền phái Thảo Đường không cắm rễ được trong quần chúng mà chỉ ảnh hưởng đến một số trí thức có khuynh hướng văn học. Trong số 19 người thuộc thiền phái Thảo Đường được ghi chép ở sách Thuyền Uyển Tập Anh, ta thấy chỉ có 10 vị là người xuất gia, kể cả Thảo Đường: Thảo Đường, Thiệu Minh, Phạm Âm, Đỗ Đô, Trương Tam Tạng, Chân Huyền, Hải Tịnh, Bát Nhã, Không Lộ Và Định Giác (tức Giác Hải) đồng thời cũng thuộc thiền phái Vô Ngôn Thông. Ta thấy có tới 9 vị là cư sĩ, mà phần nhiều là vua vơi quan: Thánh Tông, Anh Tông và Cao Tông đều là vua, Ngô Ích là quan tham chính, Đỗ Vũ là quan thái phó, Nguyễn Thức là quan quản giáp. Thiền phái Thảo Đường, vì những lý do trên, đã không đủ sức tạo nên một truyền thống sinh hoạt tăng viện độc lập có thể lưu truyền về sau. Ảnh hưởng của thiền phái này chỉ đáng kể về mặt học tập.

Trong những người theo thiền phái Thảo Đường, đáng chú ý có vua Lý Thánh Tông. Có tài liệu chép: Lý Thánh Tông còn là một tín đồ Phật giáo mộ đạo. Ông đã cho xây rất nhiều chùa tháp, trong đó có chùa Thiên Phúc, Thiên Thọ - nơi hoàng gia nhà Trần sau này thường lễ Phật. Ông còn dựng các tượng Đế Thích, Phạm Thiên bằng vàng và đúc chuông đồng lớn. Đặc biệt, trong khuôn viên chùa Súng Khánh, nhà vua sai dựng Bảo tháp Đại Thắng Tư Thiên (gọi tắt là Tháp Báo Thiên) vào năm 1056.

Ngôi tháp này có 12 tầng và cao 20 trượng (chừng 70m). Đây được xem là một trong An Nam tứ đại khí, tức 4 kỳ quan của Đại Việt thời Lý-Trần. Lý Thánh Tông còn là một thiền sư - cư sĩ, được coi là vị Tổ thứ hai của Thiền phái Thảo Đường – một trong ba dòng thiền chính tại Đại Việt thời đó.

Theo giáo sư Hoàng Xuân Hãn trong sách Lý Thường Kiệt: lịch-sử ngoại-giao triều Lý, các biểu hiện thương dân của Thánh Tông xuất phát từ sự thấm nhuần tinh thần từ bi của Phật pháp, chứ không phải từ động cơ tuyên truyền chính trị. Bên cạnh đó, ông rất chú trọng mở mang Nho học. Mùa thu năm 1070, nhà vua đã xây dựng Văn miếu và tạc tượng thờ Chu Công, Khổng Tử cùng 4 học trò xuất sắc. Ông cũng cho vẽ tranh thờ 72 môn sinh của Khổng Tử và sai tế lễ bốn mùa. Dưới thời Lý Thánh Tông, gowin99 Đại Việt tương đối ổn định.

Bên cạnh đó, một số cuộc binh biến đã xảy ra tại động Sa Đãng (1061), năm huyện Ái Châu và Giang Long (1061), động Sa Ma - nay thuộc Hòa Bình (tháng 10 âm lịch năm 1064) và châu Mang Quán - Lạng Sơn (tháng 7 âm lịch năm 1065). Lý Thánh Tông đã tự mình cầm quân đánh bại các cuộc nổi dậy này. Lý Thánh Tông có người vợ thứ là Nguyên phi Ỷ Lan cũng nổi tiếng có tài trị nước. Nhà vua muộn con, không có thái tử giám quốc như các đời trước khi đi chinh chiến nhưng việc chính sự được yên ổn nhờ tay Nguyên phi Ỷ Lan.