Ông đã đậu thủ khoa trong một kỳ thi Hương dưới triều vua Tự Đức, nên được người đời gọi là Thủ Khoa Huân. Mặc dầu đậu cao, nhưng ông không ra làm quan.
Khi quân Pháp đánh chiếm Nam Kỳ, ông Thủ Khoa Nguyễn Hữu Huân đứng lên đáp lời kêu gọi của non sông, diệt thù cứu nước.
Ông truyền hịch kêu gọi dân đinh, dân tráng, hợp thành một đạo nghĩa quân, hoạt động ở Mỹ Tho, ông đem đạo nghĩa quân nầy kết hợp với đạo nghĩa quân của hai ông Tri Huyện Đỗ Đình Thoại và Thiên Hộ Nguyễn Duy Dương ở Đồng Tháp Mười.
Nghĩa quân đã dựa vào kinh lạch chằng chịt, hiểm trở của vùng sình lầy Đồng Tháp Mười, tung ra những trận đánh tiêu hao lực lượng của quân Pháp, gây cho quân cướp nước nhiều thiệt hại triền miên.
Ông Thủ Khoa Huân thường xuyên liên lạc với ông Tú Tài Nguyễn Đình Chiểu ở Ba Tri (Bến Tre) để bàn bạc kế hoạch tuyên truyền và quân sự trong công cuộc chống Pháp, gây cho quân cướp nước nhiều thiệt hại triền miên..
Ông Tú Tài Nguyễn Đình Chiểu tục gọi là ông Đồ Chiểu là một nhà Nho trung hiếu vẹn tuyền, tuy mù hai mắt, nhưng tấm lòng yêu dân mến nước vằng vặc như gương.
Cuộc kháng chiến của ông Thủ Khoa Huân kéo dài dai dẳng khiến cho người Pháp phải chật vật đánh dẹp.
Sau, Pháp phải xử dụng Đỗ Hữu Phương là một tên tay sai bán nước, để đánh dẹp nghĩa quân.
Đỗ Hữu Phương dùng kế bao vây để triệt đường tiếp tế lương thực của nghĩa quân.
Năm 1865, khi thấy nghĩa quân bị rơi vào tình trạng thiếu lương trầm trọng, Đỗ Hữu Phương hướng dẫn quân Pháp mở cuộc tấn công. Trong trận nầy, ông Nguyễn Hữu Huân bị bắt.
Pháp cho người dụ dỗ, nhưng ông cương quyết không đầu hàng. Pháp đem đày ông ra Côn Lôn, rồi đưa sang biệt xứ ở Réunion (Phi Châu).
Ông phải kéo dài cuộc đời lưu đày, tù tội trong suốt tám năm. Năm 1873, ông được bọn Pháp tha về.
Đỗ Hữu Phương muốn lấy lòng tầng lớp sĩ phu Nam Kỳ, đã đứng ra bảo lãnh cho ông Nguyễn Hữu Huân ở nhà của y ở Chợ Lớn. Nhưng, ở nhà y được ít lâu, ông bỏ trốn trở về Mỹ Tho.
Ông tiếp tục con đường chống Pháp đã bị gián đoạn. Ông lại đứng ra mộ quân khởi nghĩa, lấy cù lao Rồng làm căn cứ.
Cuộc kháng chiến lần nầy kéo dài được hai năm, nhiều phen gây cho quân Pháp thất điên bát đảo. Nhưng sau, vì thế cô, ông bị bắt một lần nữa. Lần nầy, ông cũng cương quyết không hàng.
Bọn Pháp đem ông ra xử tử tại chợ, trên cù lao Rồng (Mỹ Tho).
Ông Thủ Khoa Nguyễn Hữu Huân chết vào năm ông vừa 45 tuổi.
Trước khi bị chặt đầu, ông còn khẳng khái đọc một đôi câu đối tự điếu mình:
Hữu chí nan thân, khôn uổng bách niên chiêu vật nghị
Tuy công bất tựu, diệt duyên nhứt tảo báo quân ân
Dịch nghĩa:
Có chí khôn bày, không uổng trăm năm lời nghị chúng
Tuy công chẳng đoạn, cũng đành một thác trả ơn vua.
Theo Trái tim người lính
