Chùa Hoằng Phúc nằm bên hữu ngạn sông Kiến Giang khởi thủy là am thờ Phật mang tên Tri Kiến am. Bởi ngày trước, từ hói Quy Hậu, ngược theo bờ phải sông Kiến Giang về phía Đông là địa phận Tri Kiến, huyện Nha Nghi (thời Lý - Trần), am này nằm trong địa phận Tri Kiến nên dân chúng sinh sống quanh vùng mới gọi tên như vậy. Sau đó, chùa có tên là Kính Thiên hoặc chùa Quan (vì do một vị quan là nhà sư được vua giao cho phụng sự chùa, gọi là tăng quan).

Lịch sử của ngôi chùa gắn liền với những lần viếng thăm của các vị vua chúa được sử sánh ghi lại: Năm 1301, Phật hoàng Trần Nhân Tông trên đường viễn du Chiêm Thành, ghé qua châu Lâm Bình, đến tu tập tại am thờ Phật mang tên Tri Kiến. Vào năm Kỷ Dậu (1609), chúa tiên Nguyễn Hoàng cho dựng lại chùa Kính Thiên trên nền cũ. Năm Bính Thân (1716), chúa hiền Nguyễn Phúc Chu ra thăm chùa cho tu sửa lại, ngự đề hai bức hoành biểu Kính Thiên tự và Vô song phúc địa và 5 bức đối liễn treo ở chùa. Năm Minh Mạng thứ hai (1821), trong chuyến ngự giá Bắc Tuần, vua có ghé thăm chùa Kính Thiên và cho đổi tên chùa là “Hoằng Phúc Tự” (có nghĩa là phúc sâu đậm), tiếp đó vào năm thứ tư (1823) vua Minh Mạnh lại ban cho xuất 100 lạng bạc kho để tu sửa lại chùa; năm thứ 7 (1826), vua lại ban cho 150 lạng bạc kho để sửa thêm. Năm Thiệu Trị thứ hai (1842), vua ngự giá Bắc tuần và có đến thăm chùa Hoằng Phúc, cấp cho 300 lạng bạc để trùng tu. 

Các vị vua và quân vương khi đến thăm viếng chùa Hoằng Phúc, ngoài việc cung cấp thêm phí để xây dựng chùa, đều có đề thơ vịnh cảnh chùa, để ghi thắng tích như chúa hiền Nguyễn Phúc Chu ra thăm chùa cho tu sửa lại, ngự đề hai bức hoành biểu Kính Thiên tự và Vô song phúc địa và 5 bức đối liễn treo ở chùa. Vua Thiệu Trị khi đến viếng chùa đã viết lại bài thơ bằng chữ Hán được dịch như sau: "Thanh tịnh như không tuyệt khôn cùng/ Nệ gì sáng tối có như không/ Tượng vàng chói lọi ngôi khuê tỏ/ Áo vải nghiêm trang vẻ "lạc" lòng/ Muôn hóa cành đào kinh lẫn kệ/ Nghìn thu ơn nước khánh và chuông/ Mong đầy quả phúc muôn loài thỏa/ Phật nhật thêm ngời để đạo hưng".

Ngoài ra, tại chùa Hoằng Phúc hiện còn lưu giữ lại những báu vật quý hiếm như báu vật “cửu long” có niên đại cùng với chùa Hoằng Phúc, được làm bằng gỗ, chạm khắc liên tiếp 9 con rồng, trong đó có 8 con rồng nhỏ và một con rồng lớn ở phía trên đỉnh, ở giữa có 1 tượng ngồi, từ đế “cửu long” lên đỉnh cao khoảng 2m. Đại hồng chung của chùa được đúc vào thời vua Minh Mạng năm thứ 20 (năm 1839) được bảo vệ cho đến ngày nay. Quả chuông có chiều cao toàn bộ là 1,1 mét, đường kính 0,5m. Tai treo chuông được chạm nổi hai con rồng, miệng ngậm ngọc. Thân chuông có khắc tỉ mỉ hoa văn cách điệu và có 4 núm tượng trưng cho 4 mùa xuân, hạ, thu, đông; đồng thời khắc 4 chữ hán Hoằng Phúc linh chung.

Trong hai cuộc kháng chiến chống Pháp và chống Mỹ, chùa Hoằng Phúc là nơi các cán bộ, chiến sỹ cách mạng hội họp, là nơi che mắt kẻ thù, thu giấu vũ khí cho kháng chiến rất có hiệu quả. Ngày 1/6/2010, UBND tỉnh Quảng Bình đã ban hành Quyết định xếp hạng chùa Hoằng Phúc là Di tích gowin99 - Lịch sử cấp tỉnh.

Theo dòng chảy của thời gian với bao biến cố thăng trầm của lịch sử, chiến tranh phá hoại, ngôi chùa bị xuống cấp nghiêm trọng… Để giữ lại sự tôn nghiêm, linh thiêng của ngôi cổ tự này năm 2014, chùa Hoằng Phúc được phục dựng, tôn tạo do UBND huyện Lệ Thủy làm chủ đầu tư với tổng nguồn vốn 40,4 tỷ đồng từ sự đóng góp của các cá nhân, doanh nghiệp nhà hảo tâm và phật tử trong nước. Đặc biệt là sự tài trợ chính của Ngân hàng Đầu tư và Phát triển Việt Nam (BIDV). Chùa Hoàng Phúc được phục dựng, tôn tạo theo hướng chính và giữ nguyên trạng của ngôi chùa cũ, theo lối chùa cổ thời nhà Trần, gồm: Tam quan ngoại, tam quan nội, tháp phật, tam bảo chùa.

Sau quá trình phục dựng, năm 2016, ngôi chùa được khánh hạ, chùa được Giáo hội Phật giáo Myanmar tặng viên xá lợi xương của phật tổ Thích Ca Mậu Ni được rước từ chùa Vàng Shwedagon thành phố Yangon, ngôi chùa lớn và thiêng liêng nhất Myanmar. Nhân dịp khánh hạ, chùa vinh dự được Bộ gowin99 , Thể thao và Du lịch trao bằng di tích quốc gia Việt Nam./.